課程資訊
課程名稱
基因體與系統生物學
Genome and Systems Biology 
開課學期
109-1 
授課對象
生命科學院  基因體與系統生物學學位學程  
授課教師
丁照棣 
課號
GenSys5004 
課程識別碼
B48EU0120 
班次
 
學分
4.0 
全/半年
半年 
必/選修
必修 
上課時間
星期二6,7(13:20~15:10)星期四6,7(13:20~15:10) 
上課地點
生科3A生科3A 
備註
本課程以英語授課。與王弘毅、詹世鵬、曾宇鳳、阮雪芬、李士傑、張英峰、張典顯、莊樹諄、許昭萍、高承福、李文雄、施純傑、蔡怡陞、陳柏仰合授
總人數上限:30人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1091GenSys5004_ 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
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課程概述

本課程旨在介紹基因體生物學與系統生物學領域的重要基礎知識、觀念與研究工具,讓同學瞭解該領域必備的知識與各工具間的整合運用。課程的規劃分為三部份:第一部份以基因體生物學入手,介紹基因的運作模式與基因體的內涵,並引進基礎細胞生物學概念,以模式生物為實例,介紹功能性基因體學。第二部份則介紹如何進行大規模生物材料及其數據的收集和處理,含蓋蛋白質體修飾的動力學、蛋白質體學、 代謝體學 以及生物影像擷取與分析,強調實驗的研究方法與設計、統計分計、與分析結果的解讀及其在生物學的意義。第三部份在介紹統計學、化學動力學與計算生物學的概念與工具,強調如何分析以及整合數據來建立出計算模型或生物分子的動態網路。 

課程目標
本課程旨在介紹基因體生物學與系統生物學領域的重要基礎知識、觀念與研究工具,讓同學瞭解該領域必備的知識與各工具間的整合運用 
課程要求
大四(含)以上 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
 
指定閱讀
待補 
參考書目
待補 
評量方式
(僅供參考)
   
課程進度
週次
日期
單元主題
第18週
2021/01/12  Final Exam week 
第1-1週
9/18  Definition, concepts, and scientific challenges (張典顯)(分生所N123教室) 
第1-2週
9/17  Introduction to Bioinformatics
(蔡怡陞)(分生所N401教室) 
第2-1週
9/25  (調課)
Yeast as a model system for modern scientific inquiries (張典顯)(分生所N123教室) 
第2-2週
9/24  Introduction to transcriptomics
(蔡怡陞)(分生所N401教室) 
第3-1週
9/29  Genomics
(王弘毅)(台大生科院3A) 
第3-2週
10/1  Public Holiday 
第4-1週
10/06  Genomics
(王弘毅)(台大生科院3A) 
第4-2週
10/8  Sequence alignment
(施純傑)(分生所N401教室) 
第5-1週
10/13  Gene dysregulation in disease and then?
(莊樹諄)(分生所 N401 教室) 
第5-2週
10/15  Phylogenetic tree construction
(施純傑)(分生所N401教室) 
第6-1週
10/20  Amplicon sequencing and metagenomics
(蔡怡陞)(分生所N123教室) 
第6-2週
10/22  R tutorials
(蔡怡陞)(分生所N401教室) 
第7-1週
10/27  Epigenetic regulation (Chromatin structure)
(高承福)(分生所N123教室) 
第7-2週
10/29  Genomics
(王弘毅)(台大生科院 3A) 
第8-1週
11/03  Profiling genome wide DNA methylation
(陳柏仰)(分生所N123教室) 
第9-1週
11/10  Midterm week 不上課 
第9-2週
11/12  Analysis of transcription factor binding and chromatin modification (高承福)(分生所N401教室) 
第10-1週
11/17  Transcriptomics(李士傑)
(台大生科院3A) 
第10-2週
11/19  Analysis of DNA methylation(陳柏仰)
(分生所N401教室) 
第11-1週
11/24  Small non-coding RNAs(詹世鵬)
(台大生科院3A) 
第11-2週
11/26  Gene regulatory network (李文雄)
(分生所N401教室) 
第12-1週
12/01  Transcriptomics(李士傑)
(台大生科院3A) 
第12-2週
12/3  Network analysis (阮雪芬)
(台大生科院3A) 
第13-1週
12/08  Proteomics(張英峯)
(台大生科院3A) 
第13-2週
12/10  Dynamics in systems (1) (許昭萍)
(生科院3A) 
第14-1週
12/15  Proteomics (張英峯)
(台大生科院3A) 
第14-2週
12/17  Dynamics in systems (2)(許昭萍)
(生科院3A教室) 
第15-1週
12/22  Proteomics(張英峯)
(台大生科院3A) 
第15-2週
12/24  Dynamics in systems (3)(許昭萍)
(分生所N401教室) 
第16-1週
12/29  Metabolomics(曾宇鳳)
(台大生科院3A) 
第16-2週
12/31  Modeling and simulation (1)(許昭萍)
(分生所N401教室) 
第17-1週
1/05  Metabolomics(曾宇鳳)
(台大生科院3A) 
第17-2週
1/7  Modeling and simulation (2)(許昭萍)
(台大生科院3A教室)